Bea y Thomas por fin se van a casar acompañados de los conejos. Peter Rabbit parece que ya ha dejado atrás su mala relación con Thomas, pero las palabras de la oficiante hacen que se rebele: Thomas se convertiría en su padre.
Sin embargo, todo es un sueño. El libro de Bea con las historias sobre los conejos es todo un éxito. Esto hace que sus lectores reconozcan a Peter Rabbit o pregunten sobre él cada vez que van a la tienda. El problema es que la fama de Peter no es buena dado que se le conoce como un conejo travieso y eso a él no le gusta nada. Pero Peter no hace más que meterse en problemas y eso enfada a Thomas. Llega a pensar que su nuevo «padre» tiene manía.
Peter decide tomar una decisión radical: si creen que es tan malo, mejor irse y tener su propia vida lejos de ellos. El conejo se encontrará con un mundo atractivo donde sus trastadas son apreciadas y con un nuevo compañero, Barnabás, que le enseñará algunos trucos nuevos para poder sobrevivir. Los conejos se arriesgarán para ir en busca de Peter y este tendrá que decidir qué clase de conejo quiere ser.
